System WAHIS służy do zgłaszania przez Polskiego Delegata WOAH w GIW przypadków wystąpienia na terytorium Polski chorób z listy WOAH. Zgłaszanie odbywa się zgodnie rozdziałem 1.1. Kodeksu Zdrowia Zwierząt Lądowych oraz rozdziałem 1.1. Kodeksu Zdrowia Zwierząt Wodnych WOAH.
System również udostępnia z bazy danych WAHIS informacje o przypadkach chorób z listy WOAH zgłoszonych przez wszystkie państwa członkowskie. Informacje te dostępne są poprzez Internet dla organów IW.
Terenowe organy IW zgłaszają do GIW wystąpienia przypadków chorób zakaźnych zwierząt. GIW zgłasza wskazane w prawodawstwie przypadki chorób zakaźnych zwierząt do WOAH oraz przekazuje do organów terenowych IW informacje dotyczące przypadków chorób zakaźnych zwierząt stwierdzonych w innych państwach.